###################################################
### chunk number 1: set width
###################################################
options(width=60)
options(continue=" ")


###################################################
### chunk number 2: load data
###################################################
library(ALL)
library(hgu95av2.db)
library(genefilter)
library(eisa)
library(GO.db)
data(ALL)


###################################################
### chunk number 3: filter limits
###################################################
varLimit <- 0.5
kLimit <- 4
ALimit <- 5


###################################################
### chunk number 4: filtering the data
###################################################
flist <- filterfun(function(x) var(x)>varLimit, kOverA(kLimit,ALimit))
ALL.filt <- ALL[genefilter(ALL, flist), ]


###################################################
### chunk number 5: keep B cell data only
###################################################
ALL.filt2 <- ALL.filt[, grepl("^B", ALL.filt$BT)]


###################################################
### chunk number 6: run ISA
###################################################
set.seed(2)
modules <- ISA(ALL.filt2, flist=NA, thr.gene=seq(2,4,by=0.5), thr.cond=1)


###################################################
### chunk number 7: sweep
###################################################
modules2 <- ISASweep(ALL.filt2, modules)


###################################################
### chunk number 8: sweep result
###################################################
modules
modules2
colnames(seedData(modules))
colnames(seedData(modules2))


###################################################
### chunk number 9: getting the graph
###################################################
G <- ISASweepGraph(modules2)


###################################################
### chunk number 10: G
###################################################
list.graph.attributes(G)
list.vertex.attributes(G)


###################################################
### chunk number 11: G size
###################################################
G$width
G$height


###################################################
### chunk number 12: plotting eval=FALSE
###################################################
## X11(width=G$width, height=G$height)


###################################################
### chunk number 13: plotting2 eval=FALSE
###################################################
## ISASweepGraphPlot(G)


###################################################
### chunk number 14: plot
###################################################
ps.options(fonts=c("serif", "mono"))
ISASweepGraphPlot(G)


###################################################
### chunk number 15: enrichment
###################################################
GO <- ISAGO(modules2)


###################################################
### chunk number 16: customize
###################################################
p.bp <- sapply(summary(GO$BP), function(x) as.integer(-log10(x$Pvalue[1])))
c.bp <- d.bp <- sapply(sigCategories(GO$BP), function(x) x[1])
d.bp[!is.na(c.bp)] <- sapply(mget(na.omit(c.bp), GOTERM), Term)
d.bp <- abbreviate(d.bp, 6)
colbar <- hcl(h=260, c=35, l=seq(30, 100, length=20))
colbar <- c("#FFFFFF", rev(colbar))
col <- colbar[p.bp]


###################################################
### chunk number 17: plotting3 eval=FALSE
###################################################
## X11(width=G$width, height=G$height)


###################################################
### chunk number 18: plotting4 eval=FALSE
###################################################
## ISASweepGraphPlot(G, vertex.color=col, vertex.size2=50, 
##                   vertex.label.topleft=d.bp,
##                   vertex.label.topright=paste(V(G)$noFeatures, sep=",", 
##                     V(G)$noSamples))


###################################################
### chunk number 19: key eval=FALSE
###################################################
## key <- na.omit(d.bp)[unique(names(na.omit(d.bp)))]
## key2 <- paste(key, sep=": ", names(key))
## legend("topright", key2)


###################################################
### chunk number 20: plot2
###################################################
ISASweepGraphPlot(G, vertex.color=col, vertex.size2=50, 
                  vertex.label.topleft=d.bp,
                  vertex.label.topright=paste(V(G)$noFeatures, sep=",", 
                    V(G)$noSamples))
key <- na.omit(d.bp)[unique(names(na.omit(d.bp)))]
key2 <- paste(key, sep=": ", names(key))
legend("topright", key2)


###################################################
### chunk number 21: sessioninfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())