Difference between revisions of "ProjectYeast"
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Revision as of 13:16, 17 May 2015
Project: Modeling gradient formation in the fission yeast
Escher Cécile, Steffe Perrine, Spataro Sofia, Murseli Besa
Superviseur: Hersch Micha
A) Introduction Pom1 est une proteine de la levure S. pombe qui permet la division cellulaire. Pom1 régule négativement un activateur de l'entrée en mitose: la protéine kinase Cdr2, qui se situe au niveau de l'équateur de la cellule. Le transport de Pom1 aux pôles de la cellule crée la formation d'un graident de Pom1. Pom1 est recrutée au pôles de la cellule grâce aux microtubules, qui transportent la protéine Tea4 aux extrémités. Cette protéine médie la déphosphorylation de Pom1 en recrutant Disc2. Pom1 se lie à la membrane avec les interaction électrostatiques entre les lipides de la membrane et la séquence de Pom1. Pom1 va diffuser le long de la membrane pour le fait qu'elle est une kinase active et possède plusieurs sites pour la phosphorylation. Son activité d'autophosphorylation diminue son affinité à la membrane, promeut son détachement et ainsi sa diffusion latérale le long de la membrane plasmique. Dans ce projet on va étudier le phenomène de la diffusion de Pom1, en cherchant de l'éxpliquer avec des modèles mathématiques; ensuite on ira aussi étudier les interactions entre Cdr2 et Tea4 et le clustering de Pom1.
B) Phosphorylation de Pom1: modèle cis ou trans? On a analysé avec R les profiles de l'intensité de Pom1 le long de la membrane pour chercher de comprendre si λ (distance à laquelle la concentration de Pom1 diminue d'un facteur donné) dépend de la valeur de A (quantité initiale de Pom1 au temps 0). Si λ ne dépend pas de A le modéle de phosphorylation est dit en cis, au contraire, si λ dépend de A, le modèle est dit en trans et on est en présence d'autophosphorylation.
C) Localisation de Cdr2 en fonction de Tea4
D) Clustering de Pom1
