Communiqué de presse du 28 décembre 2001

Chaque année le premier numéro de la revue Nucleic Acids Research, édité sous la responsabilité du lauréat du prix Nobel 93 de médecine R. J. Roberts, décrit les bases de données génétiques et génomiques ainsi que leurs dernières mises à jour. Comparative Genometrics (CG), une base de données de l'Université de Lausanne rendue opérationelle au printemps 2001 sera décrite pour la première fois ( résumé et article complet) dans ce numéro spécial de janvier 2002.

Cette base de données est dédiée à la génométrie. Ce terme est la francisation faite en 2000 par Claude-Alain Roten de l'Université de Lausanne du mot anglais genometrics introduit en 1990 par A. F. Wilson. La géno-métrie (géno-, de génome, c'est-à-dire l'ensemble de l'information génétique, et de -métrie, mesure) met en évidence différentes architectures chromosomiques, montrant clairement qu'un génome est beaucoup plus que l'ensemble des gènes utiles à un organisme mis bout à bout. Les données mises à disposition permettent ainsi de comparer les chromosomes catalogués. La base de données offre entre autres, la possibilité de se faire une idée des différences existant au niveau de l'organisation des génomes connus, permettant par exemple d'entrevoir les règles génétiques qui prévalaient au moment de l'apparition des premières cellules vivantes.

Initialement focalisée sur la comparaison des génomes bactériens, CG présentera dans les mois à venir, grâce aux outils automatiques développés par la startup lémanique GC Genometrician's Company SA, plus de mille analyses d'architectures génomiques d'entités aussi diverses que les molécules d'ADN de plasmides, de phages (virus de bactérie), de virus, de bactéries, d'organelles de cellule eucaryote, voire de noyaux de cellules aussi complexe que la levure... En premier lieu ce site a été construit comme site de référence pour la communauté scientifique. Il se veut également un outil pédagogique permettant la formation des scientifiques d'autres disciplines ainsi que celle des étudiants. Les techniques utilisées ont été présentées au grand public en mai 2001 dans le cadre du festival Science et Cité (1).

Cette base de donnée est supervisée par le Dr. Claude-Alain Roten de l'Institut de Génétique et de Biologie Microbiennes (IGBM), assisté de Patrick Gamba, indépendant, physicien diplômé de l'EPFL et du Dr. Jean-Luc Barblan (IGBM). CG fut d'abord esquissée en 2000 à l'IGBM sous la responsabilité de son directeur, le Professeur Dimitri Karamata. Dès le départ à la retraite de celui-ci, l'effort entrepris a continué sous l'égide des Drs Catherine Mauël et Harold Pooley, responsables intérimaires de l'IGBM et, dès le premier janvier 2002, CG est actuellement sous l'égide du Professeur Philippe Moreillon, directeur de l'Institut de Microbiologie Fondamentale de la Faculté des Sciences, né de la fusion de l'IGBM et du Laboratoire de Biologie Microbienne.

Actuellement, grâce à l'accord du Rectorat de l'Université de Lausanne donné fin août 2001, le site web contenant CG (2) est hébergé directement sur celui de l'Université.

(1) Traversées du génome : la génométrie c'est simple. Espace Arlaud du 5 au 13 mai.

(2) Adresse URL: <http://www.unil.ch/comparativegenometrics>