Computational Phylogenetics

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Introduction experimental design

Structure du cours

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Cours:
  • définir une hypothèse nulle et alternative
  • pourquoi les statistiques: de la saisie des données à l'analyse
  • comment prendre des mesures en biologie
  • variabilité intra- et inter-observateur
  • répétabilité
  • contrôle et traitements
  • qu'est-ce qu'un bon échantillon et importance d'un bon design expérimental
  • données expérimentales vs observationnelles
  • pseudo-réplication
  • randomisation
  • puissance d'un test: définition et effets
  • quelles données pour quel test? Revue des tests principaux vu au cours de statistiques pour biologistes en illustrant leur utilisation, le type de données permettant d'effectuer ces tests, quelles conséquences sur le résultat du test si les données ne sont pas adéquates, comment s'y prendre pour y remédier
  • test de t vs Wilcoxon
  • anova un facteur vs Kruskall-Wallis
  • régression linéaire
  • Chi-carré
Exercices:
  • utilisation de données biologiques réelles illustrant les notions du cours
  • présentation d'articles scientifiques illustrant les tests abordés
 

Références

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Voici une liste de textbook pour ce cours:
  • A. Grafen and R. Hails. Modern statistics for the life sciences. Learn how to analyse your experiments. Oxford University Press, 2002
  • G. D. Ruxton and N. Colegrave. Experimental design for the life sciences. Oxford University Press, 2003
  • R. R. Sokal and F. J. Rohlf. Biometry. Freeman, 1981
 

Documents de cours

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Documents de cours à downloader. Les documents seront mis peu de temps avant le cours ou exercice.

Cours

  • partie 1 (mardi 13.03.12, Génopode B, 8h00)
  • partie 2 (mardi 20.03.12, Génopode C, 8h00)
  • partie 3 (mardi 27.03.12, Génopode C, 8h00)

Exercices

Scripts R

Last Updated on Monday, 30 April 2012 21:11
 

Practicals

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Vous pouvez déposer vos copies d'exercices et les retrouver une fois annotées en utilisant ce site web. Pour cela, vous devez
  1. utiliser uniquement le format .doc de word (pas de docx)!
  2. nommer le fichier de cette façon: serie1_Nom1_Nom2.doc
  3. par exemple: serie1_AcatosA_AllazB.doc (attention à bien mettre le caractère '_' entre les éléments)
Evidemment:
  1. serie1 changera selon le numéro de série d'exercices (1 à 4)
  2. Nom1_Nom2 est bien sûr les deux noms de familles et initiales des personnes ayant fait la série
Le dépôt de votre copie sur ce site sera possible uniquement depuis le mardi de la série d'exercice et le dimanche soir suivant. La copie est considérée comme non-rendue si elle ne se trouve pas sur le site le lundi matin à 8h00 (à noter: le site enregistre l'heure de dépôt).

Les séries annotées seront mises le plus rapidement possible sur le site.

En cas de problèmes, envoyez-moi un email.

Utilisez le lien google docs qui vous a été envoyé par email pour vérifier si vos copies ont été jugées suffisantes ou pas.
Last Updated on Wednesday, 21 March 2012 11:38
 


Lab News

paper accepted
Fri Dec 14, 2012
Lexer et al. ‘Next generation’ biogeography: towards understanding the drivers of species diversification and persistence. J. Biogeo.
phylo lab
Hélène Morlon
Wed Nov 28, 2012 @12:15 - 01:15PM
Hélène Morlon will give a seminar at the DEE. The title is "Recent developments in phylogenetic approaches to diversification: incorporating ecological and paleoenvironnemental data".
amphitheatre Biophore

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