User:Sbprm2016 8
Etude de cas mathématique appliqué à la biologie : "Genetics of liver enzymes levels - 2016"
But du projet
Le but de ce projet était de trouver des déterminants génétiques impliqués dans la concentration d'enzymes hépatiques. Pour cela, nous nous sommes focalisé sur trois enzymes en particulier:
• ALT = Enzyme transférant un groupe alanine.
- Cette enzyme catalyse 2 étapes du cycle de l’alanine. Un taux élevé est caractéristique d’une cytolyse hépatique.
• GGT = Enzyme transférant un groupe gamma glutamyl.
- Cette enzyme se trouve dans la membrane des cellules et est impliquée dans le métabolisme des acides aminés.
• AKP = Enzyme enlèvant un groupe phosphate.
- Cette enzyme participe à la dephosphorylation de divers éléments dont des nucléotides, protéines et alcaloïdes.
Toutes ces enzymes se trouvent en majeur partie dans le foie et sont mesurées dans le plasma sanguin dans le but d’établir un bilan hépatique. Il s'agit en effet d'un indicateur du bon fonctionnement du foie car en cas de lyse de tissus hépatiques, elles se retrouveront dans le sang. On sait qu’il existe une part génétique qui explique la variance dans ces taux enzymatiques chez l'homme, mais elle n’a pas été encore, à ce jour, complétement caractérisée. Notre travail a été d’aller dans cette direction. Ce projet s'inscrit entre autre dans la continuité des projets visant à développer la médecine stratifiée qui consiste à traiter les patients en tenant compte de leur génome.
Matériel
Pour réalisé notre projet, nous avons utilisé deux types de données: Des données phénotypiques et des données génotypiques.
Données phénotypiques:
Les données phénotypiques ont été tirées de l’étude CoLaus [1], qui est une étude de cohorte dont l’objectif de base était de récolter des données physiologiques sur des habitants de la ville de Lausanne dans le but de trouver s’il y existait un lien entre ces valeurs et des maladies cardio-vasculaires.
Dans notre cas, nous avons utilisé un échantillon de CoLaus de 5435 individus (2560 hommes et 2875 femmes). Dans cet échantillon, nous nous sommes intéressés à 7 paramètres dont les plus importants sont les concentrations enzymatiques d'intérêt (ALT, GGT, AKP).
Données génotypiques:
Les données génotypiques sont des SNPs, soit Single Nucleotid Polymorphism. Nos données contiennent deux sortes de SNPs: des SNPs génotypés et des SNPs imputés. Les SNPs génotypés représentent 1/5 des données et l'ont été par Affymetrix 500k. Les SNPs imputés représentent les 4/5 restant et l'ont été à l’aide du HapMap project [2] (projet dont le but et de créer une base de donnée des variations génétiques existante au sein et entre différentes populations homogènes) .
