Genetics of urinary calcium levels

Background: Our research group contributed to show that a particular gene is involved in the regulation of calcium serum.

Goal: The goal of this project is to use the same methid, namely Genome-Wide Association Studies to find genes involved in the regulation of urinary calcium.

Mathematical tools: The student will learn the statistics associated with Genome-Wide Association Studies

Biological or Medical aspects: The students will learn how Genome Wide Association Studies can lead to medical discoveries, in particular in the calcium biology

Supervisor: Tanguy Corre

Students:

Contexte : La génétique prend de plus en plus de place dans la recherche avec le séquençage du génome. De plus les études à large échelle fleurissent, comme CoLaus ce qui permet de faire des études d’association génomique (GWAS).

But : Identifier les locis du génome qui induisent une variation significative de la concentration en calcium dans l’urine chez les différents individus de l’étude CoLaus

Aspects biologiques ou médicaux : La concentration calcique urinaire varie entre individus. Une partie de cette variation peut être déterminé génétiquement. Dans le cadre de cette étude, nous nous somme justement intéressé à la part de variance expliqué notamment par les SNP. Cette étude peut porter à des aspects intéressants, tels que la détermination génétique des risques d'hyper- ou d'hypocalciurie. Sachant qu'une hypocalciurie chez la femme enceinte peut entraîner de grosses complications à l'accouchement, un génotypage des SNPs responsables de variations de calcium urinaire peut préparer les médecins au pire. On se dirige donc vers une médecine personnalisée.

Outils mathématiques : Nous avons utilisé le programme Matlab principalement et nous nous somme également aidé du programme R

Matériel et méthodes :

Résultats principaux :

Lors de l'analyse d'association sur tout le génome, nous avons trouvé des SNP sur 4 gènes intéressants. Ces derniers sont regroupé dans un tableau qui se trouve ci-dessous. Le seuil de significativité varie entre 10-5 et 10-8 selon les cas. Nous Avons ajusté le seuil afin d'avoir un minimum de faux négatif.

Conclusions : Quatre SNPs on été identifiée pouvant jouer un rôle dans la régulation du calcium urinaire (voir tableau des résultats principaux). Bien sûr ces résultats sont à vérifier dans le contexte où toutes n'ont pas une p-value suffisamment basse. Il se peut donc qu'il y ait des faux négatifs ou des faux positif, pour le vérifier il faudrait faire un replicas sur un nouvelle base de données ou faire une étude fonctionnelle au laboratoire